以下の代表的な固体物理の教科書を開いても、原子の変位をFourier変換ではなく、単一の平面波で天下りで導出しているため、一般性・正確性に欠ける。 キッテル グロッソ、パラビチニ イバッハ パインズ ここでは、キチンと原子の変位をFourier変換して動力学…

MDで最も簡単（と思われる）水分子だけのモデルを作りたかったが、ググっても全然出て来なかった。 タンパク質を読み込んで、そこに solvateBOX で水分子を足すことはたくさんやられている。 しかし solvateBOX は "unit" に水分子を加えるため、そもそもの …

参考サイト NumPyでヒストグラムを作るnp.histogram関数の使い方 - DeepAge scipy.signal.peak_widths — SciPy v1.12.0 Manual import numpy as np from scipy.signal import find_peak, peak_widths from matplotlib import pyplot as plt # data file: dat…

参考サイト sed で指定した範囲の行を置換する - まくまくsed/awkノート sed | テキストの置換処理を得意とするスクリプト言語 sedでこういう時はどう書く? #Linux - Qiita text.txt内の1~10行目を無視したい。 sed -e '1,10d' text.txt 無視した後の残され…